Networks data accessor for a CeTF class object.

The networks accessor access the networks, key TFs and annotations for each gene and TF resulted from PCIT analysis and runAnalysis function analysis.

NetworkData(x, type = "network1")

# S4 method for CeTF
NetworkData(x, type = "network1")

Arguments

x	`CeTF-class` object
type	Type of data: network1, network2, keytfs, tfs or annotation.The numbers 1 and 2 correspond to the respective condition (default: network1).

Value

Returns the Outputs used for RIF and PCIT.

Examples

# load the CeTF class object resulted from runAnalysis function
data(CeTFdemo)

NetworkData(CeTFdemo)
#>                gene1           gene2
#> 22   ENSG00000004799 ENSG00000113761
#> 24   ENSG00000004799 ENSG00000114861
#> 26   ENSG00000004799 ENSG00000119138
#> 27   ENSG00000004799 ENSG00000120093
#> 47   ENSG00000004799 ENSG00000143127
#> 77   ENSG00000004799 ENSG00000184271
#> 90   ENSG00000004799 ENSG00000214814
#> 95   ENSG00000013293 ENSG00000067082
#> 113  ENSG00000013293 ENSG00000113916
#> 114  ENSG00000013293 ENSG00000114861
#> 116  ENSG00000013293 ENSG00000119138
#> 117  ENSG00000013293 ENSG00000120093
#> 140  ENSG00000013293 ENSG00000147601
#> 142  ENSG00000013293 ENSG00000152583
#> 156  ENSG00000013293 ENSG00000170004
#> 167  ENSG00000013293 ENSG00000184271
#> 187  ENSG00000030419 ENSG00000078246
#> 195  ENSG00000030419 ENSG00000105989
#> 236  ENSG00000030419 ENSG00000163083
#> 240  ENSG00000030419 ENSG00000165995
#> 247  ENSG00000030419 ENSG00000170448
#> 271  ENSG00000053254 ENSG00000064961
#> 284  ENSG00000053254 ENSG00000109381
#> 285  ENSG00000053254 ENSG00000109787
#> 295  ENSG00000053254 ENSG00000120129
#> 298  ENSG00000053254 ENSG00000124766
#> 328  ENSG00000053254 ENSG00000165995
#> 334  ENSG00000053254 ENSG00000170214
#> 337  ENSG00000053254 ENSG00000172273
#> 340  ENSG00000053254 ENSG00000179094
#> 343  ENSG00000053254 ENSG00000182979
#> 385  ENSG00000064961 ENSG00000124766
#> 387  ENSG00000064961 ENSG00000126368
#> 418  ENSG00000064961 ENSG00000168310
#> 424  ENSG00000064961 ENSG00000172273
#> 427  ENSG00000064961 ENSG00000179094
#> 440  ENSG00000064961 ENSG00000198795
#> 452  ENSG00000067082 ENSG00000099337
#> 464  ENSG00000067082 ENSG00000114861
#> 483  ENSG00000067082 ENSG00000139624
#> 492  ENSG00000067082 ENSG00000152583
#> 502  ENSG00000067082 ENSG00000167182
#> 506  ENSG00000067082 ENSG00000170004
#> 545  ENSG00000068323 ENSG00000112936
#> 550  ENSG00000068323 ENSG00000116285
#> 554  ENSG00000068323 ENSG00000122882
#> 582  ENSG00000068323 ENSG00000163083
#> 586  ENSG00000068323 ENSG00000165995
#> 593  ENSG00000068323 ENSG00000170448
#> 607  ENSG00000068323 ENSG00000196460
#> 647  ENSG00000077092 ENSG00000135899
#> 653  ENSG00000077092 ENSG00000140386
#> 659  ENSG00000077092 ENSG00000147601
#> 683  ENSG00000077092 ENSG00000181315
#> 686  ENSG00000077092 ENSG00000184271
#> 699  ENSG00000077092 ENSG00000214814
#> 708  ENSG00000078246 ENSG00000105989
#> 749  ENSG00000078246 ENSG00000163083
#> 786  ENSG00000087903 ENSG00000099337
#> 806  ENSG00000087903 ENSG00000126351
#> 838  ENSG00000087903 ENSG00000168310
#> 862  ENSG00000087903 ENSG00000211445
#> 868  ENSG00000088876 ENSG00000101347
#> 891  ENSG00000088876 ENSG00000133794
#> 896  ENSG00000088876 ENSG00000138316
#> 908  ENSG00000088876 ENSG00000152804
#> 910  ENSG00000088876 ENSG00000157514
#> 935  ENSG00000088876 ENSG00000186020
#> 946  ENSG00000088876 ENSG00000221866
#> 954  ENSG00000096060 ENSG00000109906
#> 956  ENSG00000096060 ENSG00000113716
#> 960  ENSG00000096060 ENSG00000116285
#> 975  ENSG00000096060 ENSG00000136999
#> 986  ENSG00000096060 ENSG00000148737
#> 991  ENSG00000096060 ENSG00000162692
#> 1000 ENSG00000096060 ENSG00000168795
#> 1006 ENSG00000096060 ENSG00000172349
#> 1014 ENSG00000096060 ENSG00000185917
#> 1026 ENSG00000096060 ENSG00000221866
#> 1032 ENSG00000099337 ENSG00000109787
#> 1043 ENSG00000099337 ENSG00000122882
#> 1057 ENSG00000099337 ENSG00000139624
#> 1063 ENSG00000099337 ENSG00000146250
#> 1066 ENSG00000099337 ENSG00000152583
#> 1072 ENSG00000099337 ENSG00000163884
#> 1076 ENSG00000099337 ENSG00000167182
#> 1101 ENSG00000099337 ENSG00000205189
#> 1113 ENSG00000101347 ENSG00000113716
#> 1126 ENSG00000101347 ENSG00000127954
#> 1145 ENSG00000101347 ENSG00000152804
#> 1172 ENSG00000101347 ENSG00000186020
#> 1183 ENSG00000101347 ENSG00000221866
#> 1191 ENSG00000102760 ENSG00000113761
#> 1208 ENSG00000102760 ENSG00000136504
#> 1209 ENSG00000102760 ENSG00000136999
#> 1215 ENSG00000102760 ENSG00000142599
#> 1230 ENSG00000102760 ENSG00000165995
#> 1234 ENSG00000102760 ENSG00000168795
#> 1249 ENSG00000102760 ENSG00000186020
#> 1253 ENSG00000102760 ENSG00000197343
#> 1258 ENSG00000102760 ENSG00000214717
#> 1262 ENSG00000103196 ENSG00000109381
#> 1273 ENSG00000103196 ENSG00000120129
#> 1283 ENSG00000103196 ENSG00000135899
#> 1293 ENSG00000103196 ENSG00000143614
#> 1306 ENSG00000103196 ENSG00000165995
#> 1312 ENSG00000103196 ENSG00000170214
#> 1317 ENSG00000103196 ENSG00000178695
#> 1350 ENSG00000105989 ENSG00000123610
#> 1381 ENSG00000105989 ENSG00000165995
#> 1394 ENSG00000105989 ENSG00000181315
#> 1403 ENSG00000105989 ENSG00000197265
#> 1422 ENSG00000109381 ENSG00000120129
#> 1425 ENSG00000109381 ENSG00000124766
#> 1442 ENSG00000109381 ENSG00000143614
#> 1453 ENSG00000109381 ENSG00000164463
#> 1458 ENSG00000109381 ENSG00000168310
#> 1466 ENSG00000109381 ENSG00000178695
#> 1509 ENSG00000109787 ENSG00000139083
#> 1516 ENSG00000109787 ENSG00000146250
#> 1530 ENSG00000109787 ENSG00000167641
#> 1531 ENSG00000109787 ENSG00000168310
#> 1539 ENSG00000109787 ENSG00000178695
#> 1575 ENSG00000109906 ENSG00000133794
#> 1584 ENSG00000109906 ENSG00000140836
#> 1590 ENSG00000109906 ENSG00000148737
#> 1610 ENSG00000109906 ENSG00000172349
#> 1614 ENSG00000109906 ENSG00000182568
#> 1618 ENSG00000109906 ENSG00000185917
#> 1620 ENSG00000109906 ENSG00000189221
#> 1631 ENSG00000112936 ENSG00000113716
#> 1635 ENSG00000112936 ENSG00000116285
#> 1639 ENSG00000112936 ENSG00000122882
#> 1667 ENSG00000112936 ENSG00000163083
#> 1671 ENSG00000112936 ENSG00000165995
#> 1690 ENSG00000112936 ENSG00000186020
#> 1692 ENSG00000112936 ENSG00000196460
#> 1701 ENSG00000112936 ENSG00000221866
#> 1705 ENSG00000113716 ENSG00000116285
#> 1715 ENSG00000113716 ENSG00000128606
#> 1720 ENSG00000113716 ENSG00000136999
#> 1733 ENSG00000113716 ENSG00000152804
#> 1735 ENSG00000113716 ENSG00000157514
#> 1736 ENSG00000113716 ENSG00000162692
#> 1759 ENSG00000113716 ENSG00000185917
#> 1762 ENSG00000113716 ENSG00000196460
#> 1771 ENSG00000113716 ENSG00000221866
#> 1775 ENSG00000113761 ENSG00000119138
#> 1776 ENSG00000113761 ENSG00000120093
#> 1796 ENSG00000113761 ENSG00000143127
#> 1803 ENSG00000113761 ENSG00000154734
#> 1809 ENSG00000113761 ENSG00000165072
#> 1824 ENSG00000113761 ENSG00000182568
#> 1827 ENSG00000113761 ENSG00000185591
#> 1833 ENSG00000113761 ENSG00000197343
#> 1864 ENSG00000113916 ENSG00000143127
#> 1867 ENSG00000113916 ENSG00000147601
#> 1877 ENSG00000113916 ENSG00000165072
#> 1907 ENSG00000113916 ENSG00000214814
#> 1910 ENSG00000114861 ENSG00000119138
#> 1911 ENSG00000114861 ENSG00000120093
#> 1931 ENSG00000114861 ENSG00000143127
#> 1950 ENSG00000114861 ENSG00000170004
#> 1979 ENSG00000116285 ENSG00000122882
#> 1985 ENSG00000116285 ENSG00000128606
#> 1992 ENSG00000116285 ENSG00000139083
#> 2001 ENSG00000116285 ENSG00000148737
#> 2032 ENSG00000116285 ENSG00000196460
#> 2062 ENSG00000119138 ENSG00000143127
#> 2126 ENSG00000120093 ENSG00000143127
#> 2173 ENSG00000120129 ENSG00000124766
#> 2201 ENSG00000120129 ENSG00000164463
#> 2206 ENSG00000120129 ENSG00000168310
#> 2214 ENSG00000120129 ENSG00000178695
#> 2253 ENSG00000122882 ENSG00000146250
#> 2256 ENSG00000122882 ENSG00000152583
#> 2262 ENSG00000122882 ENSG00000163884
#> 2326 ENSG00000123610 ENSG00000165995
#> 2338 ENSG00000123610 ENSG00000179094
#> 2339 ENSG00000123610 ENSG00000181315
#> 2348 ENSG00000123610 ENSG00000197265
#> 2358 ENSG00000124766 ENSG00000126368
#> 2389 ENSG00000124766 ENSG00000168310
#> 2392 ENSG00000124766 ENSG00000170214
#> 2401 ENSG00000124766 ENSG00000182979
#> 2417 ENSG00000126351 ENSG00000126368
#> 2427 ENSG00000126351 ENSG00000139624
#> 2433 ENSG00000126351 ENSG00000146250
#> 2446 ENSG00000126351 ENSG00000167182
#> 2462 ENSG00000126351 ENSG00000185591
#> 2472 ENSG00000126351 ENSG00000211445
#> 2481 ENSG00000126368 ENSG00000136504
#> 2506 ENSG00000126368 ENSG00000168310
#> 2512 ENSG00000126368 ENSG00000172273
#> 2515 ENSG00000126368 ENSG00000179094
#> 2520 ENSG00000126368 ENSG00000185591
#> 2528 ENSG00000126368 ENSG00000198795
#> 2530 ENSG00000126368 ENSG00000211445
#> 2531 ENSG00000126368 ENSG00000214717
#> 2534 ENSG00000127954 ENSG00000128606
#> 2540 ENSG00000127954 ENSG00000138316
#> 2552 ENSG00000127954 ENSG00000152804
#> 2554 ENSG00000127954 ENSG00000157514
#> 2568 ENSG00000127954 ENSG00000171819
#> 2579 ENSG00000127954 ENSG00000186020
#> 2581 ENSG00000127954 ENSG00000196460
#> 2590 ENSG00000127954 ENSG00000221866
#> 2637 ENSG00000128606 ENSG00000196460
#> 2646 ENSG00000128606 ENSG00000221866
#> 2649 ENSG00000133794 ENSG00000136504
#> 2655 ENSG00000133794 ENSG00000140836
#> 2689 ENSG00000133794 ENSG00000185917
#> 2691 ENSG00000133794 ENSG00000189221
#> 2703 ENSG00000135821 ENSG00000136504
#> 2707 ENSG00000135821 ENSG00000139624
#> 2709 ENSG00000135821 ENSG00000140836
#> 2718 ENSG00000135821 ENSG00000154734
#> 2726 ENSG00000135821 ENSG00000167182
#> 2739 ENSG00000135821 ENSG00000182568
#> 2742 ENSG00000135821 ENSG00000185591
#> 2767 ENSG00000135899 ENSG00000147601
#> 2777 ENSG00000135899 ENSG00000165072
#> 2780 ENSG00000135899 ENSG00000167641
#> 2807 ENSG00000135899 ENSG00000214814
#> 2834 ENSG00000136504 ENSG00000168795
#> 2840 ENSG00000136504 ENSG00000172349
#> 2847 ENSG00000136504 ENSG00000185591
#> 2853 ENSG00000136504 ENSG00000197343
#> 2855 ENSG00000136504 ENSG00000198795
#> 2858 ENSG00000136504 ENSG00000214717
#> 2861 ENSG00000136999 ENSG00000138316
#> 2866 ENSG00000136999 ENSG00000142599
#> 2881 ENSG00000136999 ENSG00000165995
#> 2885 ENSG00000136999 ENSG00000168795
#> 2889 ENSG00000136999 ENSG00000171819
#> 2891 ENSG00000136999 ENSG00000172349
#> 2899 ENSG00000136999 ENSG00000185917
#> 2900 ENSG00000136999 ENSG00000186020
#> 2904 ENSG00000136999 ENSG00000197343
#> 2905 ENSG00000136999 ENSG00000198624
#> 2923 ENSG00000138316 ENSG00000152804
#> 2925 ENSG00000138316 ENSG00000157514
#> 2950 ENSG00000138316 ENSG00000186020
#> 2961 ENSG00000138316 ENSG00000221866
#> 2968 ENSG00000139083 ENSG00000146250
#> 2978 ENSG00000139083 ENSG00000164463
#> 2982 ENSG00000139083 ENSG00000167641
#> 3019 ENSG00000139624 ENSG00000152583
#> 3021 ENSG00000139624 ENSG00000154734
#> 3029 ENSG00000139624 ENSG00000167182
#> 3033 ENSG00000139624 ENSG00000170004
#> 3045 ENSG00000139624 ENSG00000185591
#> 3064 ENSG00000140386 ENSG00000147601
#> 3072 ENSG00000140386 ENSG00000163884
#> 3088 ENSG00000140386 ENSG00000181315
#> 3091 ENSG00000140386 ENSG00000184271
#> 3101 ENSG00000140386 ENSG00000205189
#> 3114 ENSG00000140836 ENSG00000154734
#> 3135 ENSG00000140836 ENSG00000182568
#> 3138 ENSG00000140836 ENSG00000185591
#> 3141 ENSG00000140836 ENSG00000189221
#> 3185 ENSG00000142599 ENSG00000186020
#> 3189 ENSG00000142599 ENSG00000197343
#> 3190 ENSG00000142599 ENSG00000198624
#> 3191 ENSG00000142599 ENSG00000198795
#> 3194 ENSG00000142599 ENSG00000214717
#> 3224 ENSG00000143127 ENSG00000182568
#> 3226 ENSG00000143127 ENSG00000184271
#> 3251 ENSG00000143614 ENSG00000164463
#> 3259 ENSG00000143614 ENSG00000170214
#> 3264 ENSG00000143614 ENSG00000178695
#> 3306 ENSG00000146250 ENSG00000178695
#> 3322 ENSG00000146250 ENSG00000211445
#> 3352 ENSG00000147601 ENSG00000184271
#> 3365 ENSG00000147601 ENSG00000214814
#> 3371 ENSG00000148737 ENSG00000162692
#> 3375 ENSG00000148737 ENSG00000165072
#> 3394 ENSG00000148737 ENSG00000185917
#> 3396 ENSG00000148737 ENSG00000189221
#> 3431 ENSG00000152583 ENSG00000184271
#> 3447 ENSG00000152804 ENSG00000157514
#> 3483 ENSG00000152804 ENSG00000221866
#> 3495 ENSG00000154734 ENSG00000170004
#> 3504 ENSG00000154734 ENSG00000182568
#> 3507 ENSG00000154734 ENSG00000185591
#> 3534 ENSG00000157514 ENSG00000171819
#> 3545 ENSG00000157514 ENSG00000186020
#> 3550 ENSG00000157514 ENSG00000198624
#> 3579 ENSG00000162692 ENSG00000185917
#> 3602 ENSG00000163083 ENSG00000170448
#> 3608 ENSG00000163083 ENSG00000181315
#> 3635 ENSG00000163884 ENSG00000170448
#> 3644 ENSG00000163884 ENSG00000184271
#> 3654 ENSG00000163884 ENSG00000205189
#> 3662 ENSG00000164463 ENSG00000167641
#> 3663 ENSG00000164463 ENSG00000168310
#> 3671 ENSG00000164463 ENSG00000178695
#> 3702 ENSG00000165072 ENSG00000178695
#> 3705 ENSG00000165072 ENSG00000182568
#> 3720 ENSG00000165072 ENSG00000214814
#> 3727 ENSG00000165995 ENSG00000170214
#> 3733 ENSG00000165995 ENSG00000179094
#> 3736 ENSG00000165995 ENSG00000182979
#> 3740 ENSG00000165995 ENSG00000186020
#> 3743 ENSG00000165995 ENSG00000197265
#> 3753 ENSG00000167182 ENSG00000168310
#> 3755 ENSG00000167182 ENSG00000170004
#> 3767 ENSG00000167182 ENSG00000185591
#> 3789 ENSG00000167641 ENSG00000178695
#> 3822 ENSG00000168310 ENSG00000185591
#> 3829 ENSG00000168310 ENSG00000198624
#> 3832 ENSG00000168310 ENSG00000211445
#> 3841 ENSG00000168795 ENSG00000172349
#> 3854 ENSG00000168795 ENSG00000197343
#> 3891 ENSG00000170214 ENSG00000178695
#> 3916 ENSG00000170448 ENSG00000181315
#> 3929 ENSG00000170448 ENSG00000205189
#> 3934 ENSG00000171819 ENSG00000172273
#> 3937 ENSG00000171819 ENSG00000179094
#> 3944 ENSG00000171819 ENSG00000186020
#> 3949 ENSG00000171819 ENSG00000198624
#> 3953 ENSG00000171819 ENSG00000214717
#> 3958 ENSG00000172273 ENSG00000179094
#> 3961 ENSG00000172273 ENSG00000182979
#> 3971 ENSG00000172273 ENSG00000198795
#> 3974 ENSG00000172273 ENSG00000214717
#> 3984 ENSG00000172349 ENSG00000185917
#> 4018 ENSG00000179094 ENSG00000182979
#> 4025 ENSG00000179094 ENSG00000197265
#> 4027 ENSG00000179094 ENSG00000198624
#> 4028 ENSG00000179094 ENSG00000198795
#> 4031 ENSG00000179094 ENSG00000214717
#> 4042 ENSG00000181315 ENSG00000197265
#> 4053 ENSG00000182568 ENSG00000185591
#> 4056 ENSG00000182568 ENSG00000189221
#> 4059 ENSG00000182568 ENSG00000197343
#> 4076 ENSG00000182979 ENSG00000198795
#> 4103 ENSG00000185591 ENSG00000198795
#> 4110 ENSG00000185917 ENSG00000189221
#> 4122 ENSG00000186020 ENSG00000196460
#> 4124 ENSG00000186020 ENSG00000197343
#> 4125 ENSG00000186020 ENSG00000198624
#> 4131 ENSG00000186020 ENSG00000221866
#> 4163 ENSG00000197343 ENSG00000214717
#> 4166 ENSG00000198624 ENSG00000198795
#> 4169 ENSG00000198624 ENSG00000214717
#> 4174 ENSG00000198795 ENSG00000214717

Networks data accessor for a CeTF class object.

Arguments

Value

See also

Examples