NetworkData-methods.Rd
The networks accessor access the networks, key TFs and
annotations for each gene and TF resulted from PCIT analysis and
runAnalysis
function analysis.
NetworkData(x, type = "network1") # S4 method for CeTF NetworkData(x, type = "network1")
x |
|
---|---|
type | Type of data: network1, network2, keytfs, tfs or annotation.The numbers 1 and 2 correspond to the respective condition (default: network1). |
Returns the Outputs used for RIF and PCIT.
# load the CeTF class object resulted from runAnalysis function data(CeTFdemo) NetworkData(CeTFdemo)#> gene1 gene2 #> 22 ENSG00000004799 ENSG00000113761 #> 24 ENSG00000004799 ENSG00000114861 #> 26 ENSG00000004799 ENSG00000119138 #> 27 ENSG00000004799 ENSG00000120093 #> 47 ENSG00000004799 ENSG00000143127 #> 77 ENSG00000004799 ENSG00000184271 #> 90 ENSG00000004799 ENSG00000214814 #> 95 ENSG00000013293 ENSG00000067082 #> 113 ENSG00000013293 ENSG00000113916 #> 114 ENSG00000013293 ENSG00000114861 #> 116 ENSG00000013293 ENSG00000119138 #> 117 ENSG00000013293 ENSG00000120093 #> 140 ENSG00000013293 ENSG00000147601 #> 142 ENSG00000013293 ENSG00000152583 #> 156 ENSG00000013293 ENSG00000170004 #> 167 ENSG00000013293 ENSG00000184271 #> 187 ENSG00000030419 ENSG00000078246 #> 195 ENSG00000030419 ENSG00000105989 #> 236 ENSG00000030419 ENSG00000163083 #> 240 ENSG00000030419 ENSG00000165995 #> 247 ENSG00000030419 ENSG00000170448 #> 271 ENSG00000053254 ENSG00000064961 #> 284 ENSG00000053254 ENSG00000109381 #> 285 ENSG00000053254 ENSG00000109787 #> 295 ENSG00000053254 ENSG00000120129 #> 298 ENSG00000053254 ENSG00000124766 #> 328 ENSG00000053254 ENSG00000165995 #> 334 ENSG00000053254 ENSG00000170214 #> 337 ENSG00000053254 ENSG00000172273 #> 340 ENSG00000053254 ENSG00000179094 #> 343 ENSG00000053254 ENSG00000182979 #> 385 ENSG00000064961 ENSG00000124766 #> 387 ENSG00000064961 ENSG00000126368 #> 418 ENSG00000064961 ENSG00000168310 #> 424 ENSG00000064961 ENSG00000172273 #> 427 ENSG00000064961 ENSG00000179094 #> 440 ENSG00000064961 ENSG00000198795 #> 452 ENSG00000067082 ENSG00000099337 #> 464 ENSG00000067082 ENSG00000114861 #> 483 ENSG00000067082 ENSG00000139624 #> 492 ENSG00000067082 ENSG00000152583 #> 502 ENSG00000067082 ENSG00000167182 #> 506 ENSG00000067082 ENSG00000170004 #> 545 ENSG00000068323 ENSG00000112936 #> 550 ENSG00000068323 ENSG00000116285 #> 554 ENSG00000068323 ENSG00000122882 #> 582 ENSG00000068323 ENSG00000163083 #> 586 ENSG00000068323 ENSG00000165995 #> 593 ENSG00000068323 ENSG00000170448 #> 607 ENSG00000068323 ENSG00000196460 #> 647 ENSG00000077092 ENSG00000135899 #> 653 ENSG00000077092 ENSG00000140386 #> 659 ENSG00000077092 ENSG00000147601 #> 683 ENSG00000077092 ENSG00000181315 #> 686 ENSG00000077092 ENSG00000184271 #> 699 ENSG00000077092 ENSG00000214814 #> 708 ENSG00000078246 ENSG00000105989 #> 749 ENSG00000078246 ENSG00000163083 #> 786 ENSG00000087903 ENSG00000099337 #> 806 ENSG00000087903 ENSG00000126351 #> 838 ENSG00000087903 ENSG00000168310 #> 862 ENSG00000087903 ENSG00000211445 #> 868 ENSG00000088876 ENSG00000101347 #> 891 ENSG00000088876 ENSG00000133794 #> 896 ENSG00000088876 ENSG00000138316 #> 908 ENSG00000088876 ENSG00000152804 #> 910 ENSG00000088876 ENSG00000157514 #> 935 ENSG00000088876 ENSG00000186020 #> 946 ENSG00000088876 ENSG00000221866 #> 954 ENSG00000096060 ENSG00000109906 #> 956 ENSG00000096060 ENSG00000113716 #> 960 ENSG00000096060 ENSG00000116285 #> 975 ENSG00000096060 ENSG00000136999 #> 986 ENSG00000096060 ENSG00000148737 #> 991 ENSG00000096060 ENSG00000162692 #> 1000 ENSG00000096060 ENSG00000168795 #> 1006 ENSG00000096060 ENSG00000172349 #> 1014 ENSG00000096060 ENSG00000185917 #> 1026 ENSG00000096060 ENSG00000221866 #> 1032 ENSG00000099337 ENSG00000109787 #> 1043 ENSG00000099337 ENSG00000122882 #> 1057 ENSG00000099337 ENSG00000139624 #> 1063 ENSG00000099337 ENSG00000146250 #> 1066 ENSG00000099337 ENSG00000152583 #> 1072 ENSG00000099337 ENSG00000163884 #> 1076 ENSG00000099337 ENSG00000167182 #> 1101 ENSG00000099337 ENSG00000205189 #> 1113 ENSG00000101347 ENSG00000113716 #> 1126 ENSG00000101347 ENSG00000127954 #> 1145 ENSG00000101347 ENSG00000152804 #> 1172 ENSG00000101347 ENSG00000186020 #> 1183 ENSG00000101347 ENSG00000221866 #> 1191 ENSG00000102760 ENSG00000113761 #> 1208 ENSG00000102760 ENSG00000136504 #> 1209 ENSG00000102760 ENSG00000136999 #> 1215 ENSG00000102760 ENSG00000142599 #> 1230 ENSG00000102760 ENSG00000165995 #> 1234 ENSG00000102760 ENSG00000168795 #> 1249 ENSG00000102760 ENSG00000186020 #> 1253 ENSG00000102760 ENSG00000197343 #> 1258 ENSG00000102760 ENSG00000214717 #> 1262 ENSG00000103196 ENSG00000109381 #> 1273 ENSG00000103196 ENSG00000120129 #> 1283 ENSG00000103196 ENSG00000135899 #> 1293 ENSG00000103196 ENSG00000143614 #> 1306 ENSG00000103196 ENSG00000165995 #> 1312 ENSG00000103196 ENSG00000170214 #> 1317 ENSG00000103196 ENSG00000178695 #> 1350 ENSG00000105989 ENSG00000123610 #> 1381 ENSG00000105989 ENSG00000165995 #> 1394 ENSG00000105989 ENSG00000181315 #> 1403 ENSG00000105989 ENSG00000197265 #> 1422 ENSG00000109381 ENSG00000120129 #> 1425 ENSG00000109381 ENSG00000124766 #> 1442 ENSG00000109381 ENSG00000143614 #> 1453 ENSG00000109381 ENSG00000164463 #> 1458 ENSG00000109381 ENSG00000168310 #> 1466 ENSG00000109381 ENSG00000178695 #> 1509 ENSG00000109787 ENSG00000139083 #> 1516 ENSG00000109787 ENSG00000146250 #> 1530 ENSG00000109787 ENSG00000167641 #> 1531 ENSG00000109787 ENSG00000168310 #> 1539 ENSG00000109787 ENSG00000178695 #> 1575 ENSG00000109906 ENSG00000133794 #> 1584 ENSG00000109906 ENSG00000140836 #> 1590 ENSG00000109906 ENSG00000148737 #> 1610 ENSG00000109906 ENSG00000172349 #> 1614 ENSG00000109906 ENSG00000182568 #> 1618 ENSG00000109906 ENSG00000185917 #> 1620 ENSG00000109906 ENSG00000189221 #> 1631 ENSG00000112936 ENSG00000113716 #> 1635 ENSG00000112936 ENSG00000116285 #> 1639 ENSG00000112936 ENSG00000122882 #> 1667 ENSG00000112936 ENSG00000163083 #> 1671 ENSG00000112936 ENSG00000165995 #> 1690 ENSG00000112936 ENSG00000186020 #> 1692 ENSG00000112936 ENSG00000196460 #> 1701 ENSG00000112936 ENSG00000221866 #> 1705 ENSG00000113716 ENSG00000116285 #> 1715 ENSG00000113716 ENSG00000128606 #> 1720 ENSG00000113716 ENSG00000136999 #> 1733 ENSG00000113716 ENSG00000152804 #> 1735 ENSG00000113716 ENSG00000157514 #> 1736 ENSG00000113716 ENSG00000162692 #> 1759 ENSG00000113716 ENSG00000185917 #> 1762 ENSG00000113716 ENSG00000196460 #> 1771 ENSG00000113716 ENSG00000221866 #> 1775 ENSG00000113761 ENSG00000119138 #> 1776 ENSG00000113761 ENSG00000120093 #> 1796 ENSG00000113761 ENSG00000143127 #> 1803 ENSG00000113761 ENSG00000154734 #> 1809 ENSG00000113761 ENSG00000165072 #> 1824 ENSG00000113761 ENSG00000182568 #> 1827 ENSG00000113761 ENSG00000185591 #> 1833 ENSG00000113761 ENSG00000197343 #> 1864 ENSG00000113916 ENSG00000143127 #> 1867 ENSG00000113916 ENSG00000147601 #> 1877 ENSG00000113916 ENSG00000165072 #> 1907 ENSG00000113916 ENSG00000214814 #> 1910 ENSG00000114861 ENSG00000119138 #> 1911 ENSG00000114861 ENSG00000120093 #> 1931 ENSG00000114861 ENSG00000143127 #> 1950 ENSG00000114861 ENSG00000170004 #> 1979 ENSG00000116285 ENSG00000122882 #> 1985 ENSG00000116285 ENSG00000128606 #> 1992 ENSG00000116285 ENSG00000139083 #> 2001 ENSG00000116285 ENSG00000148737 #> 2032 ENSG00000116285 ENSG00000196460 #> 2062 ENSG00000119138 ENSG00000143127 #> 2126 ENSG00000120093 ENSG00000143127 #> 2173 ENSG00000120129 ENSG00000124766 #> 2201 ENSG00000120129 ENSG00000164463 #> 2206 ENSG00000120129 ENSG00000168310 #> 2214 ENSG00000120129 ENSG00000178695 #> 2253 ENSG00000122882 ENSG00000146250 #> 2256 ENSG00000122882 ENSG00000152583 #> 2262 ENSG00000122882 ENSG00000163884 #> 2326 ENSG00000123610 ENSG00000165995 #> 2338 ENSG00000123610 ENSG00000179094 #> 2339 ENSG00000123610 ENSG00000181315 #> 2348 ENSG00000123610 ENSG00000197265 #> 2358 ENSG00000124766 ENSG00000126368 #> 2389 ENSG00000124766 ENSG00000168310 #> 2392 ENSG00000124766 ENSG00000170214 #> 2401 ENSG00000124766 ENSG00000182979 #> 2417 ENSG00000126351 ENSG00000126368 #> 2427 ENSG00000126351 ENSG00000139624 #> 2433 ENSG00000126351 ENSG00000146250 #> 2446 ENSG00000126351 ENSG00000167182 #> 2462 ENSG00000126351 ENSG00000185591 #> 2472 ENSG00000126351 ENSG00000211445 #> 2481 ENSG00000126368 ENSG00000136504 #> 2506 ENSG00000126368 ENSG00000168310 #> 2512 ENSG00000126368 ENSG00000172273 #> 2515 ENSG00000126368 ENSG00000179094 #> 2520 ENSG00000126368 ENSG00000185591 #> 2528 ENSG00000126368 ENSG00000198795 #> 2530 ENSG00000126368 ENSG00000211445 #> 2531 ENSG00000126368 ENSG00000214717 #> 2534 ENSG00000127954 ENSG00000128606 #> 2540 ENSG00000127954 ENSG00000138316 #> 2552 ENSG00000127954 ENSG00000152804 #> 2554 ENSG00000127954 ENSG00000157514 #> 2568 ENSG00000127954 ENSG00000171819 #> 2579 ENSG00000127954 ENSG00000186020 #> 2581 ENSG00000127954 ENSG00000196460 #> 2590 ENSG00000127954 ENSG00000221866 #> 2637 ENSG00000128606 ENSG00000196460 #> 2646 ENSG00000128606 ENSG00000221866 #> 2649 ENSG00000133794 ENSG00000136504 #> 2655 ENSG00000133794 ENSG00000140836 #> 2689 ENSG00000133794 ENSG00000185917 #> 2691 ENSG00000133794 ENSG00000189221 #> 2703 ENSG00000135821 ENSG00000136504 #> 2707 ENSG00000135821 ENSG00000139624 #> 2709 ENSG00000135821 ENSG00000140836 #> 2718 ENSG00000135821 ENSG00000154734 #> 2726 ENSG00000135821 ENSG00000167182 #> 2739 ENSG00000135821 ENSG00000182568 #> 2742 ENSG00000135821 ENSG00000185591 #> 2767 ENSG00000135899 ENSG00000147601 #> 2777 ENSG00000135899 ENSG00000165072 #> 2780 ENSG00000135899 ENSG00000167641 #> 2807 ENSG00000135899 ENSG00000214814 #> 2834 ENSG00000136504 ENSG00000168795 #> 2840 ENSG00000136504 ENSG00000172349 #> 2847 ENSG00000136504 ENSG00000185591 #> 2853 ENSG00000136504 ENSG00000197343 #> 2855 ENSG00000136504 ENSG00000198795 #> 2858 ENSG00000136504 ENSG00000214717 #> 2861 ENSG00000136999 ENSG00000138316 #> 2866 ENSG00000136999 ENSG00000142599 #> 2881 ENSG00000136999 ENSG00000165995 #> 2885 ENSG00000136999 ENSG00000168795 #> 2889 ENSG00000136999 ENSG00000171819 #> 2891 ENSG00000136999 ENSG00000172349 #> 2899 ENSG00000136999 ENSG00000185917 #> 2900 ENSG00000136999 ENSG00000186020 #> 2904 ENSG00000136999 ENSG00000197343 #> 2905 ENSG00000136999 ENSG00000198624 #> 2923 ENSG00000138316 ENSG00000152804 #> 2925 ENSG00000138316 ENSG00000157514 #> 2950 ENSG00000138316 ENSG00000186020 #> 2961 ENSG00000138316 ENSG00000221866 #> 2968 ENSG00000139083 ENSG00000146250 #> 2978 ENSG00000139083 ENSG00000164463 #> 2982 ENSG00000139083 ENSG00000167641 #> 3019 ENSG00000139624 ENSG00000152583 #> 3021 ENSG00000139624 ENSG00000154734 #> 3029 ENSG00000139624 ENSG00000167182 #> 3033 ENSG00000139624 ENSG00000170004 #> 3045 ENSG00000139624 ENSG00000185591 #> 3064 ENSG00000140386 ENSG00000147601 #> 3072 ENSG00000140386 ENSG00000163884 #> 3088 ENSG00000140386 ENSG00000181315 #> 3091 ENSG00000140386 ENSG00000184271 #> 3101 ENSG00000140386 ENSG00000205189 #> 3114 ENSG00000140836 ENSG00000154734 #> 3135 ENSG00000140836 ENSG00000182568 #> 3138 ENSG00000140836 ENSG00000185591 #> 3141 ENSG00000140836 ENSG00000189221 #> 3185 ENSG00000142599 ENSG00000186020 #> 3189 ENSG00000142599 ENSG00000197343 #> 3190 ENSG00000142599 ENSG00000198624 #> 3191 ENSG00000142599 ENSG00000198795 #> 3194 ENSG00000142599 ENSG00000214717 #> 3224 ENSG00000143127 ENSG00000182568 #> 3226 ENSG00000143127 ENSG00000184271 #> 3251 ENSG00000143614 ENSG00000164463 #> 3259 ENSG00000143614 ENSG00000170214 #> 3264 ENSG00000143614 ENSG00000178695 #> 3306 ENSG00000146250 ENSG00000178695 #> 3322 ENSG00000146250 ENSG00000211445 #> 3352 ENSG00000147601 ENSG00000184271 #> 3365 ENSG00000147601 ENSG00000214814 #> 3371 ENSG00000148737 ENSG00000162692 #> 3375 ENSG00000148737 ENSG00000165072 #> 3394 ENSG00000148737 ENSG00000185917 #> 3396 ENSG00000148737 ENSG00000189221 #> 3431 ENSG00000152583 ENSG00000184271 #> 3447 ENSG00000152804 ENSG00000157514 #> 3483 ENSG00000152804 ENSG00000221866 #> 3495 ENSG00000154734 ENSG00000170004 #> 3504 ENSG00000154734 ENSG00000182568 #> 3507 ENSG00000154734 ENSG00000185591 #> 3534 ENSG00000157514 ENSG00000171819 #> 3545 ENSG00000157514 ENSG00000186020 #> 3550 ENSG00000157514 ENSG00000198624 #> 3579 ENSG00000162692 ENSG00000185917 #> 3602 ENSG00000163083 ENSG00000170448 #> 3608 ENSG00000163083 ENSG00000181315 #> 3635 ENSG00000163884 ENSG00000170448 #> 3644 ENSG00000163884 ENSG00000184271 #> 3654 ENSG00000163884 ENSG00000205189 #> 3662 ENSG00000164463 ENSG00000167641 #> 3663 ENSG00000164463 ENSG00000168310 #> 3671 ENSG00000164463 ENSG00000178695 #> 3702 ENSG00000165072 ENSG00000178695 #> 3705 ENSG00000165072 ENSG00000182568 #> 3720 ENSG00000165072 ENSG00000214814 #> 3727 ENSG00000165995 ENSG00000170214 #> 3733 ENSG00000165995 ENSG00000179094 #> 3736 ENSG00000165995 ENSG00000182979 #> 3740 ENSG00000165995 ENSG00000186020 #> 3743 ENSG00000165995 ENSG00000197265 #> 3753 ENSG00000167182 ENSG00000168310 #> 3755 ENSG00000167182 ENSG00000170004 #> 3767 ENSG00000167182 ENSG00000185591 #> 3789 ENSG00000167641 ENSG00000178695 #> 3822 ENSG00000168310 ENSG00000185591 #> 3829 ENSG00000168310 ENSG00000198624 #> 3832 ENSG00000168310 ENSG00000211445 #> 3841 ENSG00000168795 ENSG00000172349 #> 3854 ENSG00000168795 ENSG00000197343 #> 3891 ENSG00000170214 ENSG00000178695 #> 3916 ENSG00000170448 ENSG00000181315 #> 3929 ENSG00000170448 ENSG00000205189 #> 3934 ENSG00000171819 ENSG00000172273 #> 3937 ENSG00000171819 ENSG00000179094 #> 3944 ENSG00000171819 ENSG00000186020 #> 3949 ENSG00000171819 ENSG00000198624 #> 3953 ENSG00000171819 ENSG00000214717 #> 3958 ENSG00000172273 ENSG00000179094 #> 3961 ENSG00000172273 ENSG00000182979 #> 3971 ENSG00000172273 ENSG00000198795 #> 3974 ENSG00000172273 ENSG00000214717 #> 3984 ENSG00000172349 ENSG00000185917 #> 4018 ENSG00000179094 ENSG00000182979 #> 4025 ENSG00000179094 ENSG00000197265 #> 4027 ENSG00000179094 ENSG00000198624 #> 4028 ENSG00000179094 ENSG00000198795 #> 4031 ENSG00000179094 ENSG00000214717 #> 4042 ENSG00000181315 ENSG00000197265 #> 4053 ENSG00000182568 ENSG00000185591 #> 4056 ENSG00000182568 ENSG00000189221 #> 4059 ENSG00000182568 ENSG00000197343 #> 4076 ENSG00000182979 ENSG00000198795 #> 4103 ENSG00000185591 ENSG00000198795 #> 4110 ENSG00000185917 ENSG00000189221 #> 4122 ENSG00000186020 ENSG00000196460 #> 4124 ENSG00000186020 ENSG00000197343 #> 4125 ENSG00000186020 ENSG00000198624 #> 4131 ENSG00000186020 ENSG00000221866 #> 4163 ENSG00000197343 ENSG00000214717 #> 4166 ENSG00000198624 ENSG00000198795 #> 4169 ENSG00000198624 ENSG00000214717 #> 4174 ENSG00000198795 ENSG00000214717